Trong năm 1991, Manser thiết lập Bruno Manser Quỹ (BMF), một quỹ thiết kế để giúp bảo vệ các khu rừng nhiệt đới và các dân bản địa trong khu vực. Manser chạy quỹ từ nhà của mình tại Heuberg 25, Basel, Thụy sĩ. Trong năm 2008, BMF đã được chuyển đến Socinstrasse 37.[19]

Bởi 2000, BMF nâng quỹ lên $10,000 để thiết lập một phòng khám nha khoa di động cho những người thuộc bộ lạc Penan, nhưng hoạt động bị từ chối bởi chính phủ.